RNA Dizileme

Hizmet Açıklamaları

RNA Dizileme (RNA-Seq), belirli bir anda biyolojik bir numunede RNA’nın varlığını ve miktarını ortaya çıkarmak için yeni nesil dizileme (NGS) yaklaşımını kullanan ve hücresel transkriptomları analiz eden bir dizileme tekniğidir. mRNA dizileme yaklaşımında sadece kodlayan genler, transkriptom dizileme yaklaşımında ise tüm genlerin ekspresyonları tespit edilebilir.

Bu hizmet kapsamında, izole RNA örneklerinin öncelikle kalite kontrolleri florometrik yöntemlerle ve Agilent Bioanalyzer 2100 ile gerçekleştirilmektedir. Uygun örnekler sırasıyla pürifikasyon, fragmentasyon, cDNA sentezi, RNAse uygulaması, index dizilerinin eklenmesi ve son cDNA kütüphanesinin oluşturma basamaklarından geçer. Dizileme çalışmasında illumina NovaSeq 6000 (illumina, ABD) yeni nesil dizileme platformu ile kullanılır. Bu basamakta örnek başı yaklaşık 30 – 60 milyon çift yönlü (paired-end) 2 x 150 bp’lık okuma elde edilir.

Veri eldesi sonrasında, sırasıyla veri kalite kontrolü, genoma hizalama ve gen sayımı gerçekleştirilir. Normalizasyon sonrasında, her genin göreceli ekspresyonları çıkarılır. Deney grupları arasında, anlamlı değişkenlik gösteren genler DEG Analizi ile tespit edilir. Bu genler ve örnekler ısı grafiği ve hiyerarşik kümeleme yaklaşımları ile görselleştirilir. Örnekler arasında farklılık gösteren yolaklar ve gen ontolojileri belirlenerek tüm sonuçlar rapor olarak sunulur.