Hizmet Detayları
- Tüm metagenom dizileme
- Illumina platformlarında 1.000.000 (150 bp x 2) okuma ile yeni nesil dizileme
- Biyoinformatik analizler (OTU tespiti, hiyerarşik kümeleme, çeşitlilik endeksleri)
- İstatistiksel analizler (Deney grupları arası karşılaştırmalar)
- Yayına hazır veri görselleştirme
- Proje sonu uzun süreli biyoinformatik analiz desteği
- Proje danışmanlığı
- 3-4 hafta hizmet süresi
Hizmet Açıklamaları
Shotgun Metagenomik analizde, çevresel örneklerden elde edilmiş genomlar, türlerin önceden izolasyonu ve kültivasyonu olmadan analiz edilir; bu nedenle, mikrobiyal toplulukları geniş kend, doğal ortamlarında incelemek için ideal bir yöntemdir.
Bu yaklaşımda, rRNA gibi hedef bölgelere yönelik bir zenginleştirme uygulanmaz. Bu sayede tek bir çalışmada, ökaryotik, bakteriyel, viral, arkeal türleri tespit etmeye olanak verir.
Hizmet dahilinde, 1 Milyon okuma ile genom dizileme sonrasında konakçıya ait okumalar filtrelenir (de-hosting) ve Extended Kraken2 (Mart 2020) veritabanı ile eşleştirilme gerçekleştirilir. Proje raporunda OTU tespiti, göreceli oranların çıkarılması, hiyerarşik kümeleme, MDS/PCA analizi, ısı grafikleri, çeşitlilik endeksleri (Shannon ve Simpson) sunulmaktadır. Göreceli oranlar, interaktif Krona grafiği ile paylaşılır. Ayrıca, deney grupları arasında anlamlı derecede farklılık gösteren, zamana göre değişiklik gösteren takson istatistiksel analizler ile sunulmaktadır.
Örnek Kabul Şartları
- Sadece izole DNA kabul edilmektedir.
- Minimum 30 ng/µl konsantrasyonda 20 µl numuneye ihtiyaç duyulmaktadır.
- Numunuler buz aküsü ile birlikte gönderilmelidir.
- DNA örnekler, 1.5 ml mikrofüj tüpü içine konulmalı ve ağzı parafin bant ile kapatılmalıdır.
Sıkça Sorulan Sorular
Laboratuvarımızda, kontaminasyon / patojen bulaşım riskini azaltmak için çevresel örnek içeren hizmetlerimizde DNA/RNA izolasyon hizmetimiz bulunmamaktadır.
Örnekler laboratuvarımıza geldiğinde kalite kontrolden geçmektedir. Eğer kabul şartını sağlamazsa, bilgi verilerek yeni örnek gönderimi istenmektedir. Ön ölçüm, bu süreci kısaltmaktadır.
İdealde Qubit ölçümleri daha doğru sonuç vermektedir ve kabul şartındaki kriterler Qubit için verilmiştir.
Rutin hizmetimiz 1 milyon okuma ile dizilemeyi içermektedir. Ancak ihtiyaçlarınıza göre 10 milyon ve üzerinde de okuma hizmeti sağlayabiliriz.
REFGEN
Hizmetlerimiz
16S / 18S / ITS Metagenomik Analiz
Yüksek çözünürlüklü bakteriyel, ökaryotik ve fungal taksonomik sınıflandırma
Shotgun Metagenomik Analiz
Çevresel örneklere yönelik geniş kapsamlı bakteriyel, ökaryotik ve viral tarama
Tüm Genom Dizileme
Bakteriden insana kadar genomu bilinen veya bilinmeyen tüm organizmalara yönelik genom dizi analizi
RNA Dizileme
mRNA veya Transkriptom Düzeyinde Ekspresyon Analizi