Hizmet Detayları
- Illumina platformlarında ortalama 50x okuma derinliğinde (150 bp x 2) okuma ile yeni nesil dizileme
- Bakteri, ökaryotik tek hücreli, virüs (DNA/RNA), insan ve bitki türlerine uygun
- Genom dizisi bilinen (re-sequencing) ve bilinmeyen (de novo) organizmalara uygun
- Biyoinformatik analizler (konsensus dizi eldesi, varyant tespiti, varyant anotasyonu, SNP tespiti)
- İstatistiksel analizler (Deney grupları arası varyant karşılaştırmaları)
- Proje danışmanlığı
- 3-4 hafta hizmet süresi
Hizmet Açıklamaları
Tüm genom dizileme, genom dizisi bilinen veya bilinmeyen türlerin tüm genom dizisinin çıkarılması amacıyla gerçekleştirilir.
Bu hizmet kapsamında, izole DNA rastgele olarak enzimatik yollarla 300-500 bp’lik parçalara ayrıştırılır ve illumina platfomlarında organizmanın genom boyutuna göre farklı okuma sayılarında dizilenir. (Bakteriyel çalışmalarda 3 milyon x 2 okuma yeterli olurken, insan gibi büyük genoma sahip organizmalarda 300+ milyon okumaya ihtiyaç duyulur.)
Dizileme sonrasında, eğer türün genom dizisi biliniyorsa (re-sequencing) elde edilen bu okumalar genom dizisine hizalanır. Ardından referans genom ile farklılıklar (varyantlar) tespit edilerek anotasyon işlemi gerçekleştirilir. Bu işlemde, her bir varyantın bulunduğu gen, neden olduğu amino asit değişikliği gibi bilgiler çıkartılır. Varyant listesi, organizmanın konsensus dizisi ile birlikte raporlanır.
Eğer referans dizisi yok ise, de novo assembly yaklaşımları ile okumalar birleştirilerek dizi adacıkları (contig) oluşturulur. Bu diziler multifasta formatında raporlanır.
Örnek Kabul Şartları
- Sadece izole DNA kabul edilmektedir.
- Minimum 30 ng/µl konsantrasyonda 20 µl numuneye ihtiyaç duyulmaktadır.
- Numunuler buz aküsü ile birlikte gönderilmelidir.
- DNA örnekler, 1.5 ml mikrofüj tüpü içine konulmalı ve ağzı parafin bant ile kapatılmalıdır.
Sıkça Sorulan Sorular
Laboratuvarımızda, kontaminasyon / patojen bulaşım riskini azaltmak için çevresel örnek içeren hizmetlerimizde DNA/RNA izolasyon hizmetimiz bulunmamaktadır.
Örnekler laboratuvarımıza geldiğinde kalite kontrolden geçmektedir. Eğer kabul şartını sağlamazsa, bilgi verilerek yeni örnek gönderimi istenmektedir. Ön ölçüm, bu süreci kısaltmaktadır.
İdealde Qubit ölçümleri daha doğru sonuç vermektedir ve kabul şartındaki kriterler Qubit için verilmiştir.
REFGEN
Hizmetlerimiz
16S / 18S / ITS Metagenomik Analiz
Yüksek çözünürlüklü bakteriyel, ökaryotik ve fungal taksonomik sınıflandırma
Shotgun Metagenomik Analiz
Çevresel örneklere yönelik geniş kapsamlı bakteriyel, ökaryotik ve viral tarama
Tüm Genom Dizileme
Bakteriden insana kadar genomu bilinen veya bilinmeyen tüm organizmalara yönelik genom dizi analizi
RNA Dizileme
mRNA veya Transkriptom Düzeyinde Ekspresyon Analizi